Закладки хранятся в памяти сервера пока действует сессия работы пользователя (не закрыто окно браузера). А ссылка никак от памяти сервера не зависит - вся информация что показать находится в самой ссылке, поэтому она действует вечно.
Закладки используются прежде всего для поиска - можно выбрать набор текстов и потом в них искать.

Самбодхивагга не пропала, она ошибочно приклеилась к 1. Paṭhamapaṇṇāsakaṃ
Я переименовал Paṭhamapaṇṇāsakaṃ в самбодхиваггу, а старую пустую самбодхиваггу удалил.

С деревом согласен, надо делать дерево на javascript с подгрузкой узлов по требованию. Правда, сейчас статическое дерево позволяет также сохранять прямые ссылки. Хотя может прямые ссылки на само дерево не очень нужны.
Или нынешнее дерево сохранить по отдельной ссылке, если на каких-то устройствах типа мобильных javascript дерево не сработает или будет работать плохо.

Сквозная навигация - это ссылки Back Next? Я их совсем недавно придумал :)

Кстати в принципе чтобы попасть сразу в следующий раздел можно перейти на более высокий уровень в верхнем навигаторе, который через >>

Оказалось, что в дереве были ошибки, аналогичные той, что с Самбодхиваггой. Такие же ошибки были во всех остальных нипатах АН, комментариях и подкомментариях к ним. Все исправил аналогичным образом.

В верхнем меню сделан дополнительный пункт New TOC, в котором посажено дерево, позволяющее разворачивать иерархию одновременно в нескольких местах. Узлы подгружаются с сервера по требованию пользователя.

У этого дерева следующие ограничения:
1. нет возможности поставить закладку
2. нет перехода к PTS страницам
3. страницы по ссылкам из дерева всегда открываются в новом окне

На страницах просмотра сутт и прочего теперь также работают ссылки back-next как и на страницах просмотра абзацев.

а нужна ли диакритика для поиска? пусть бы движок находил слова без неё, а пользователь выбирал результаты с нужной ему орфографией, по-моему омонимичных вариантов без диакритики довольно мало

Всё не так просто.
Чтобы быстро искать в таком объёме текста, приходится использовать полнотекстовый поиск. Насколько я понял, он позволяет быстро искать именно благодаря поиску точных совпадений (в т.ч. с использованием подстановочных символов типа звёздочки).
Это значит, что для столь же быстрого поиска без диакритики нужно весь текст хранить также и в форме без диакритики и на нём также построить полнотекстовый индекс, по которому оно будет искать.
Если это сделать, сильно увеличится размер базы данных, не факт, что сервер в нынешней конфигурации потянет его. Там вроде как уже превышение...